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对于满朝纷纷的讨论，朱载坖并没有立即作出决定，而是召集了内阁辅臣、户部尚书鄢懋卿、户部尚书总督仓场王国光、兵部尚书汪道昆、工部尚书严世蕃，一道商量有关漕运的问题。
朱载坖首先让臣子们阐述一些漕运现在所存在各种弊端，对于漕运存在弊端，各位阁部重臣都从自己的角度阐述了漕运的弊端，鄢懋卿、王国光主要是认为漕运的成本太高，一石米从东南运到京师，所花的费用已经是四石了，而海运四百万石米，加上损耗和可能出现的事故，运费不过一百六十万石，远远低于漕运的费用。
而兵部尚书汪道昆则是认为为了维持漕运，朝廷不得已每年投入大量的军队人力，还负责保障漕运，除了十余万的运军是直接用在漕运身上的之外，还有为了保障运河而设置的各种杂役，这些绝大部分都要由沿途的卫所来负责，对于沿途的卫所来说，已经是形成了一个非常沉重的负担。
同时汪道昆还说明了另外一个问题，就是运河上的事故问题，运河上行船,要用纤绳拉拽。过闸时耽搁很久,闸的出、入口经常有船只倾翻,水手们很少能幸免于难，如在淮安的天妃闸，就经常出现各种事故。同时使得这些河道的上面的纤夫可以随意勒索运军。
在漕船聚集的时候，由于天妃闸的纤夫、闸夫们均是熟知水性的陈年地棍,开闸闭闸,一举手就能决定人船的生死存亡。因此,从天妃闸经过,即便是官方漕船也要按石交银,每石8厘至1分。
汪道昆说道：“陛下，闸夫勒索运军，已成陋规，彼辈稍不遂意,绞关左右,绳缆松紧,闸棍略显神通,磕撞立时粉碎。漕粮、白粮,每年每帮定损数只。水手抢救,剥船捞运,尽是闸棍一党,获利更多。而军民之性命身家,遂断送于此矣。”
由此还引申出来另一个严重的问题的，就是所谓的漕帮，天顺四年定例，定漕船11770艘,官军12万人，用于运送漕粮，但是这些运军在常年的运送漕粮的过程中形成了大大小小的漕帮一百多个，这些漕帮为害运河，形同劫匪，不仅沿途的商人百姓颇受其害，就是为朝廷运送漕粮的运军也要受其挟制，向他们缴纳保护费，稍不注意，他们就明火执仗、公然抢劫，运丁越法,多因贫穷不堪,人数众多,成分复杂,鱼目混珠。
而这些漕帮所谓的老大，被称为好老，这个词在苏松等地的俚语中可不是什么好词，他们结交官场,勾结匪类,使自己成为兼通官、匪两道的“好老”，在朝廷严厉整顿盐政之后，大明仍旧存在大量的私盐，这些私盐从哪里来的，绝大部分都是通过这些好老们用朝廷的漕船转运的。
严世蕃对此总结的很到位，他说道：“陛下，自京、通视之,则运军为鱼肉;自州县视之,则运军为刀俎。漕船行二千余里之运河,层层有费,丁不得不索之官,官不得不索之民,致官与丁相持,民与官相持,已成百年痼疾。”
除了这些陋规之外，严世蕃还提出了一个问题，就是漕船的制造占用了朝廷大量船厂的生产能力，影响了水师战舰的制造，现在大明不管是官方还是民间都急需大量的海船，水师更是需要大量的战舰，尤其是主力舰，但是朝廷的官营船厂不仅仅要承担为朝廷水师制造战舰的职能，每年还有为漕运修造大量的漕船，这些都严重挤占了战舰的产能，影响了朱载坖扩充水师的计划。
漕运的弊端臣子们已经是说的很清楚了，不过漕运的干系实在是太大了，即便是朱载坖也不得不谨慎对待，对于大明来说，漕运弊端已经到了必须解决的地步了，朱载坖命令内阁和相关的部院讨论改进漕运的办法，朱载坖明确支持对于漕运进行改革。
朱载坖很清楚，改革漕运必然会得罪一大批人的利益，而对于这些从漕运中会获取利益的人来说，他们肯定会疯狂反扑，以此来要挟朝廷的，对于这点，朱载坖是很清楚的，朱载坖也有所准备。
朝廷要对漕运进行改革的风声迅速从京师传到了东南，对于东南的士绅百姓们来说，他们当然是对漕运苦之久矣，现在朝廷终于决定要对漕运进行改革了，他们当然是极为高兴了，不仅仅是东南的百姓士绅，连东南的地方官也纷纷要上疏，请求朝廷从速改革，速定章程。
在朝中的东南出身的官员也迅速行动起来，纷纷上疏催促朝廷尽快定下漕运改革的方向，同时对于漕运的弊端也纷纷上疏指责，他们主要提出来的是漕运对于沿途百姓的伤害，以纤夫为例，他们在奏疏中称：“一日就役,则其家一日无从觅食矣。一月就役,则其家一月无从觅食矣。纤夫之苦,伤心惨目,数日前预闭一室,其疲且馁己八九分。及至上纤,而些微裹粮旋为兵厮夺去矣。急以赶纤钱奉上,庶可免于捶楚,否则,刀背鞭稍拉杂而下。夫其枵腹而往,枵腹而回,两日间约有二百里之程,疾驱其后者,如雷电风火之不可以少息也。且又在积疲积馁之后,是以一番兵过,纤夫死者累累。”
虽然东南积极支持朝廷对于朝廷的改革，但是以总督漕运衙门和山东等地的地方官府的坚决反对朝廷对于漕运的改革，他们认为漕运是干系到朝廷的大事，对于朝廷来说肯定是极为重要的，而且现在的漕运办法乃是祖宗所定，轻易不能够更改的，不管怎么说，漕运是能够保证漕粮顺利抵达京通仓的。
为此，朱载坖召开大朝会，命在京四品以上官员参与，各抒己见，放狗出笼，这些官员们痛切陈词，或者支持对于漕运的改革，痛陈漕运的弊端，或者阐述漕运的重要性，认为祖宗之法不能轻易变动。