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不必要的阻力。朱慈烺深知，改革需循序渐进，不能一蹴而就，保留这几支亲军卫，既是对传统的适度妥协，也是为了稳定朝堂局势。
经过与卢象升、张世泽等心腹将领的反复商议，朱慈烺最终敲定了京畿地区卫所改革的总体方案：除保留锦衣卫、旗手卫、金吾前后卫、羽林左右卫这四支亲军卫外，其余所有卫所。无论是隶属于五军都督府的普通卫所，还是六个匠卫、十五个皇陵卫，全部废除。废除后的卫所土地收归朝廷，卫所士兵则根据自愿原则，或编入护国军继续服役，或解甲归田，分配土地耕种。至于京畿地区的防务，将由护国军全面接管，朝廷会根据实际需求，在关键城镇派兵驻守，确保京畿安全。
当然，朱慈烺也清楚，大明的卫所体系遍布全国，如今只是改革京畿地区的卫所，便已触动了如此多的利益集团。至于那些远离京师的卫所，尤其是沈阳等地的卫所，虽然早已名存实亡、失去了实际作用，但目前护国军兵源紧张，若是贸然废除，还需分兵驻守，反而会分散兵力。因此，朱慈烺决定暂时搁置这些地区的卫所改革，待将来收复沈阳、护国军兵力充足后，再逐步推进全国范围内的卫所改革。
更长远的规划，朱慈烺也早已在心中盘算。待将来崇祯皇帝退位，自己登基之后，只会保留锦衣卫这一支亲军卫。皇宫与紫禁城的守卫工作，将全部交由护国军的精锐部队。威武营负责。毕竟，如今的亲军卫早已腐朽不堪，士兵战斗力低下，根本无法承担起守卫皇宫的重任。只有让训练有素、忠诚可靠的护国军负责皇宫守卫，才能确保皇权的安全。
就在朱慈烺紧锣密鼓地推进卫所改革之际，户部的官员们也在马不停蹄地奔赴京畿各地，为即将开展的土地清查工作做准备。土地清查是卫所改革的重要配套措施。只有摸清京畿地区的土地状况，才能将收回的卫所土地与兼并的土地合理分配，真正实现“耕者有其田”的目标。
经过与户部尚书程国祥等人的商议，朱慈烺决定将通州作为土地清查的第一站。通州地处京畿要地，既是护国军的重要基地，也是京畿地区土地兼并较为严重的区域之一。更重要的是，此次清军入关劫掠，通州因有护国军驻守，并未遭到战火波及，地方档案保存相对完整，便于清查工作的开展。
此次土地清查的依据，是户部存档的“皇册”。从洪武初年到永乐初年的土地登记记录。朱慈烺之所以选择这份跨度数十年的皇册，便是想弄清楚，从明太祖朱元璋时期到明成祖朱棣上位后，京畿地区的土地兼并究竟呈现出怎样的增长趋势，那些勋贵、士绅是如何一步步蚕食民田与卫所土地的。
为了尽可能减少改革阻力，朱慈烺还制定了一条重要原则：凡是拥有一百亩以下土地、且土地来源合法（有皇册记录或官方文书证明）的农户，其土地将保留不动，不纳入此次土地分配的范围。只有那些拥有一百亩以上土地的大户，才会被列为重点清查对象。若是发现其土地中有后期通过兼并、强占等非法手段获取的部分，将全部收回，重新分配给无地农民与护国军士兵。
这一原则的制定，既保护了普通农户的利益，也在一定程度上缓和了与中小地主的矛盾，使得土地清查工作能够得到更多人的支持。可即便如此，通州的土绅大户们依旧对此次土地清查充满了抵触。他们大多拥有数百亩甚至数千亩土地，其中不少是通过非法手段兼并而来，一旦清查深入，他们的利益必将遭受重创。
户部尚书程国祥对皇太子的土地清查工作给予了鼎力支持。为确保清查工作顺利开展，他从户部抽调了大量官员，上至侍郎，下至主事与衙役，再加上通州地方户部的官员，参与清查工作的总人数达到了数百人。除了户部的力量外，卢象升也从兵部派出了几十名熟悉地方军务的官员，协助清查卫所土地；朱慈烺还特意从护国军抽调了一些有文化、懂律法的军官，以及詹事府的杨廷麟等正直官员，共同组成清查队伍。他深知，土地清查牵扯利益众多，必须派遣正直可靠之人，才能确保清查结果的公正。
当清查队伍抵达通州后，通州地方官员与士绅大户们的反应，却超出了所有人的预料。地方官员们表面上热情洋溢，不仅为清查官员安排了宽敞舒适的住处，还接连设宴盛情款待，席间觥筹交错，极尽奉承之能事，可对于土地清查的具体工作，却始终避而不谈，一句也不提。
更令人担忧的是，清查队伍中的不少官员，本就对皇太子的土地改革心存不满。他们或是与士绅大户有着千丝万缕的联系，或是自身也拥有不少土地，担心清查工作会波及自身。因此，面对地方官员与士绅的款待，这些官员欣然接受，每日与士绅们吃喝玩乐，将土地清查的任务抛到了九霄云外，根本没有心思开展工作。
在整个清查队伍中，只有詹事府的杨廷麟、户部主事吴甘来，以及户部员外郎左懋第三人，始终牢